Вы читали FAQ по ссылке выше... ?
Там написано как и когда проводятся проверки.
Если вы не трогаете файл лицензий, то все прекрасно работает.
При его удалении или не соответствии лиц. данных JBZoo попросит ввести лицензию снова.
Для справки, файл лежит тут - media/zoo/applications/jbuniversal/config/licence.php
При смене домена лицензия слетит, т.к ключи привязываются к домену (не смотря на то что ограничений на кол-во нет).
Последние версии приложения умеют сохранять лицензию для разных доменов, на такие случаи.
P.S: Думаю вы сами что-то меняли на сайте и забыли, у вас некоторое время работал кеш Joomla, потом истек и вы увидели сообщение.
Проблема надуманная...