Сделать конечно можно, но придется предварительно группировать по категории, а затем менять вывод товаров в письме.
Конечно понадобятся знания основ PHP.
У меня нет готового решения, могу лишь подсказать на что смотреть.
// получить имя основной категории материала из объекта материала $item
if ($category = $item->getPrimaryCategory()) {
$category->name;
}
Вывод товаров в письме происходит тут
media\zoo\applications\jbuniversal\cart-elements\email\items\tmpl\table_body.php
Если память не изменяет, то получить объект можно так
$items[$itemKey]['item']->getPrimaryCategory()
И в этом же файле можно заранее сгруппировать перед выводом таблицы.