Информация о категориях для материалов хранится в трех разных местах (не буду объяснять почему, все сложно =) ).
При сохранении материала, вызываются события для обновления информации о категориях.
Иногда Zoo путается и не правильно обновляет информацию о категориях, либо делает это до сохранения основной информации о материале - т.е стирает.
В целом да, это старый и сложный баг Yootheme. Как его решить я детально не разбирался. Иногда помогает поменять местами порядок элементов в форме, часто бывает проблема в ACL, т.е материал сохраняется, а категорию не получается изменить (проверьте под админом).
К слову, по той же причине, свежеотправленные материалы могут не работать в фильтре до переинексации.