что нужно чтоб в общем файле ymlexport.php также все работало без создания шаблона определенного типа
Общий файл выбирается только в случае если не существует для типа материала переопределения (отдельной директории).
Иначе работает переопределение шаблонов из Zoo. В данном случае это дает некоторые неудобства.
oldprice вычисляется после наценки?
Это то число, которое показывается на сайте (если вывести цену до скидки) Учитывает все элементы, скидки, наценки, модификаторы.
Возможно ли добавить следующие условия - Если старая цена отличается от новой "=" "<5%" или ">95%" то необходимо ее скрыть.
Можно вручную посчитать процент прямо в шаблоне. Формула со школы.
и затем обрамить вывод тега oldprice условием.