Файл выгружается в кодировке UTF, а Excel её вроде не понимает, приходится переводить в понимаемую кодировку
UTF-8 самая ходовая кодировка. Могу посоветовать взамен openOffice
Одно поле разбивается на несколько ячеек, что с этим делать (на примере поля "JBZoo Price - Advance" - у меня в поле Price (#3) входят sku, value, currency, discount, discount_currency, description, и все в файле CSV расположены в разных ячейках)?
Это нормально. Поле множественное, поэтому разбивается на несколько ячеек, иначе повышается вероятность ошибок при выгрузке и это сложно редактировать
Вроде нет заголовка в CSV файле экспорта для полей входящий в "JBZoo Price - Advance": "Это новинка? " и "В наличии (по умолчанию)".
Должны быть, видимо они у вас сейчас пустые.