Денис, добрый вечер, без Вас никак 
Если вы добавите в фильтр одно и тоже поле несколько раз, то сработает то, которое идет последним. Потому что у этих полей одинаковые атрибуты name Т.е не получится сделать так чтобы одновременно в форме было и скрытое поле и список категорий.
Для меня это новость, так красиво всё вроде складывалось, теперь придётся искать другие варианты
Я же верно понимаю, что вам нужен выбор по категориям, но при этом чтобы поиск работал только для определенной ветки категорий?
У меня категории организованы таким образом. Есть родительская - "Сайт" (у неё ИД=24) и есть дочерние "Квартиры", "Дома" и т.д.
Объектов в категории "Сайт" несколько десятков, а в дочерних - сотни. Один объект может быть и в категории "Сайт" и в категории "Участки". Категория "Сайт" предназначена для объектов, которые опубликованы на сайте для посетителей. Много объектов, которые есть в дочерних, но они не для сайта, это просто база для риэлторов.
Хочется ограничить поиск таким образом, что-бы выбирались только те объекты, которые есть в категории "Сайт".
Допустим выбираем "Участки", но в результатах поиска отображаются только те, которые есть в категории "Участки" и они-же есть в категории "Сайт".
Ссылка на сайт.
Для примера, выбираем в фильтре категорию "Коммерч." - это коммерческая недвижимость.
Фильтр срабатывает, но поскольку отфильтровывает всю коммерческую недвижимость, которая есть в базе, но вывод которой на сайт не разрешен, имеем всего один объект на первой странице результатов поиска, вторая вообще пустая, и оставшиеся объекты - все на третьей странице результатов. Вот от этой неприятности я и хочу избавиться, если фильтр будет учитывать только те объекты, которые есть в категории "Сайт".