Прежде, чем перейти к ответам на вопросы, надо начать с уместности списка для сравнения. Несмотря на то, что подавляющее большинство разработчиков используют функционал корзины JBZoo и делают eCommerce решения, JBZoo и ZOO - это не eCommerce-решение в чистом виде, а универсальный CCK (Content Construction Kit).
Более уместно было бы тогда сравнивать например Joomla + JBZoo с Joomla + Cobalt или Joomla + FlexiContent или с Drupal.
По опыту работы с eCommerce решениями:
1. Magento - мощное, тормознутое, требует очень много времени на освоение API для того, чтобы запилить простейшие вещи или даже кастомизировать шаблон.
2. OpenCart, OSCommerce, Amiro.... тысячи их - еще один скрипт интернет-магазина с простейшей CMS (новости, галерея, опросы) и т.п. "Приятные админки" по сравнению с Joomla у них получаются исходя из того, что это продукты разных весовых категорий. Это все равно, что взять дамский автомобильчик и бульдозер, а потом аргументировать, что дамский автомобильчик лучше, потому что в бульдозере салон не из розового велюра 
Вот как только вы столкнетесь с тем, что вам надо будет сделать, что выходит за рамки стандартных возможностей скрипта, и вы сами не сильны в программировании, то вы тут же попадете в зависимость от фрилансеров, которые будут готовы за скромные 100 баксов написать вам простейший костыль, который они никогда не будут потом сопровождать. Та же самая ситуация и с VirtueMart, MijoShop, HikaShop и другими чисто eCommerce расширениями для Joomla.
В этом плане Joomal + JBZoo и Drupal более универсальны, так как у вас есть возможность реализовать гораздо большую хотелок своих клиентов конструированием, а не программированием и сосредоточиться на создании решения, а не написании кода.
Собственно всей этой темой хочу найти ответы на три вопроса:
1. почему заказчики ecommerce часто открещиваются от joomla? это просто мода или есть стоющие причины?
2. стоит ли изучать множество движков или убеждать заказчиков переходить на джумлу?
3. на сколько это сложно, сколько времени это может занять? Сейчас я работаю только с joomla, полностью фронтенд знаю, с серверной частью знаком, но опыта совсем мало пока.
1. Большинство причин - это либо мифы, либо просто некорректное сравнение. Самый распространенный миф это - "Joomla не подходит для высоконагруженных систем". Особенно преуспели в распространении этого мифа "друпальщики" и "писатели сайта с нуля на фреймворке X", которые таким несложным способом убирают конкурентов, способных за меньшие деньги и в более сжатые сроки создать конкурирующее решение. Лично я, как не старался, не нашел с сети ни одного теста, который в цифрах доказывает это утверждение.
Типичная жалоба на "тормознутость Joomla" при разборе полетов обычно выявляет то, что вебмастер поставил на сайт половину бесплатного JED, или еще хуже - накачал вареза платных компонентов с троянами или инжекторами, прикрутил жутко тормознутые Artio или sh404SEF "для SEO и красивых ссылок", все это залил на шаред хостинг за 100 рублей и заламывает руки по поводу тормознутости Joomlа.
2. Вы можете изучить несколько популярных, чтобы предложить альтернативу заказчику. Но как я уже писал выше, что реализовать большую часть хотелок клиентов без программирования проще на CCK с возможностями eCommerce, чем просто на eCommerce-решении. То есть, вы либо сосредотачиваетесь на программировании и становитесь программистом, который еще и делает сайты, либо на поиске и изучении движков и становитесь веб-дизайнером (или лучше сказать, проектировщиком сайтов), который еще и немного программирует. Это все в дальнейшем повлияет на ваше позиционирование и способ ведения бизнеса. В первом случае вы не будете бояться решений, которые отходят от возможностей вашего движка и требуют кастомизации под клиента, но за дополнительные деньги. Во втором случае, ваша аудитория - это неприхотливые заказчики со стандартными запросами и небольшим бюджетом и вы берете количеством.
3. Слушайте Дениса 
Если не хотите остаться на уровне "Поставил Джумла, перерисовал шаблон, настроил корзину, продал, пошел искать следующего клиента", изучайте PHP-фреймоворки, такие как Zend, YII, от себя я бы еще добавил Symfony. Изучайте JS и JS-фреймворки и через пару лет у вас есть большой шанс зарабатывать неплохие деньги и утверждать, что "Joomla не подходит для высоконагруженных систем" 
