В общем если кратко - бывали такие баги - $item почему-то неверно был заполнен - ну или импортирован. Помогало пересохранение или же пересоздание. Также я лично делал так - в файле импорта включал дампер и если дампер выдавал ошибку - я видел на каком он $item->id споткнулся и уже работал с этим id и так со всеми пока проблему не решил на сайте клиента. Но это требует знаний PHP и скилл работы с дампером.
Я понял. Ну я в итоге продолжил логически и удалил не только товары заданного типа но и сам тип товара, и индексация прошла нормально. Незнаю что происзошло когда я его создавал но видимо какой-то сбой). Позже создам этот тип заново и 13 товаров зальем заново. Спасибо за наводки...я бы 100 лет в обед не догадался в чем проблема и как решить =)