Доброго времени суток!
Подскажите как правильно обновлять JBZoo?
папку jbuniversal копируем в <ДОМЕН>/public_html/media/zoo/applications/..
папки mod_jbzoo_basket, mod_jbzoo_category, mod_jbzoo_props и mod_jbzoo_search копируем в <ДОМЕН>/public_html/modules/..
а куда копировать папку plg_sys_jbzoo?
Скачайте патч и распакуйте по верх вашего сайта. Как это сделать - написано тут http://jbzoo.ru/docs/jbzoo-how-update
После этого сделайте переиндексацию