Ох.... эм....
Пробовал загрузить через ftp и через isp manager файлов. И так и так результат один и тот же....
Тут есть один нюанс.
Когда мы говорим о разработке сайтов, мы подразумеваем правку именно текстовых файлов.
Как то так сложилось, что подавляющее большинство файловых менеджеров FTP отправляют файлы на сервер ввиде строки, а картинки и прочие файлы - бинарником.
И обычно все идет хорошо, пока внезапно ftp-клиент или ftp-сервер не сломает переносы строк.
Причем мы этого не видим, т.к. используем довольно навороченные редакторы о-ля Notepad++, который умеет незаметно сам правильно расставлять переносы.
Но PHP это видит как есть и поэтому не верно загруженный ini файл может не распарситься вовсе (там перенос как часть синтаксиса).
Поэтому я рекомендую всегда использовать бинарный режим передачи в FTP клиенте.
Тогда файл передается как есть, а не как его видит программка.
Например я пользуюсь всеядным WinSCP и там режим выбирает так
Бинарный режим можно включить в любом клиенте.
Если это не поможет, то мне нужно самому посмотреть ваш сайт.
-------------
Возможно я ошибаюсь и у вас языки не работают по другой причине, но по описанию кажется именно в этом проблема.
PS Через isp manager вообще не рекомендую править код.